出版物及简报

最近的出版物

[*李教授指导的学生]

  • Niosi A, Võ NH, Sundaramurthy P*, Welch C, Penn A, Yuldasheva Y, Alfareh A, Rausch K, Amin-Rahbar T, Cavanaugh J, Yadav P, Peterson S, Brown R, Hu A, Ardon-Castro A, Nguyen D, Crawford R, Lee W, Morris M, Jensen H, Mulligan K。“Kismet/CHD7/CHD8影响黑腹果蝇的肠道微生物群、力学和肠脑轴。”生物物理学报。2024；doi: 10.1016 / j.bpj.2024.06.016。
  • 刘建军，刘建军，刘建军，刘建军，刘建军，刘建军，刘建军，刘建军。(2024)。双酚F影响神经发育基因表达、蘑菇体发育和行为黑腹果蝇．＂神经毒理学和畸形学, 107331年。ISSN 0892 - 0362。https://doi.org/10.1016/j.ntt.2024.107331。
  • F. Mbuga*， K. Lam*和W. Lee，“基于机器学习的长读序列数据伪像检测”，中国计算机科学与工程学报，2023,pp. 582-584, doi: 10.1109/CSCI62032.2023.00103。
  • Welch C, Johnson E*, Tupikova A, Anderson J, Tinsley B, Newman J, Widman E, Alfareh A, Davis A, Rodriguez L, Visger C, Miller-Schulze JP，李女双酚A对神经发育基因表达、认知功能和神经肌肉突触形态的影响黑腹果蝇．神经毒理学 2022年,89: 67 - 78。https://doi.org/10.1016/j.neuro.2022.01.006．
  • Niosi一，阮高压,Sundar P *，韦尔奇C，潘一，Yuldasheva Y，Alfareh,Rausch K，Rukhsar T，瓦诺J，Yadav P，彼得森年代，布朗R，胡一，Ardon-Castro一，阮D，克劳福德R，李女，詹森MH，莫里斯EJ，穆里根凯西:Kismet/CHD7/CHD8影响肠道生物力学、肠道微生物组和肠-脑轴   黑腹果蝇。bioRxiv 2021.12.17.473216. https://doi.org/10.1101/2021.12.17.473216．

  • 孙德华*，李文杰，李文杰，等。基于遗传算法的转录因子结合位点识别，中国计算机科学与工程学报，2016,pp. 366-369, doi: 10.1109/CSCI54926.2021.00132。

  • 李晓明，李晓明，李晓明，李晓明，李晓明。念珠菌相对丰度对共培养生物膜转录调控的影响，中国生物工程学报，2016,pp. 376-378, doi: 10.1109/CSCI54926.2021.00134。

  • Gu， C*和李,W． 预测病毒包膜蛋白Furin切割位点的机器学习方法。被接受发表于Transactions on Computational Science & Computational Intelligence， b施普林格（2021），并在第22届国际生物信息学与计算生物学会议（BIOCOMP'21: July 26-29, 2021, Las Vegas， USA）上发表。．
  • Tom， Z*和Lee， W.基于机器学习分析的生物信息学元数据提取。已被接受发表于Transactions on Computational Science & Computational Intelligence， b施普林格（2021），并在第22届国际生物信息学与计算生物学会议（BIOCOMP'21: July 26-29, 2021, Las Vegas， USA）上发表。

  • Chandak A, Lee W， M. Stamp， Word2Vec、HMM2Vec和PCA2Vec在恶意软件分类中的比较，《基于人工智能和深度学习的恶意软件分析》，2010（2020）。https://doi.org/10.1007/978-3-030-62582-5_11

  • Khan SY, Ali M，李兆瓦， Ma Z, Biswas P, Khan AA, Naeem Ma, Riazuddin S, Ayyagari R, Hejtmancik JF, Riazuddin SA。多个巴基斯坦裔个体的全基因组测序数据。 科学数据 7， 350(2020)。https://doi.org/10.1038/s41597-020-00664-2
  • N. Khuri, Lehmkhul-Dakhwe KV, Vanhoven M, Lee W， S. Khuri。生物信息学跨学科辅修：初步成果与展望。已被接受于2020年3月11日至3月14日在俄勒冈州波特兰举行的ACM SIGCSE上发表和展示。
  • Khan SY, Ali M, Kabir F, Chen R, Chan HN，李兆瓦， Pourmand N, Riazuddin SA，。哈科特科幻。小鼠晶状体发育中新转录物和多肽的鉴定。 Sci代表 8， 11162(2018)。https://doi.org/10.1038/s41598-018-28727-w
  • 2015：基于Maverix RNA-Seq管道的肺腺癌差异表达分析。Cancer Res 2016年7月15日（76）（14 Supplement） 1518；DOI: 10.1158 / 1538 - 7445. - am2016 - 1518。
  • Franco M, Panas MW, Marino ND，李兆瓦， Buchholz KR, Kelly FD, Bednarski JJ, Sleckman
    BP, Pourmand N & Boothroyd JC。一种新的分泌蛋白，MYR1，是弓形虫操纵宿主细胞的核心。mBio。 7， 2231（2016）。
  • Khan SY, Vasanth S, Kabir F, Gottsch JD, Khan AO, Chaerkady R, Lee MC, Leitch CC, Ma Z, Laux J, Villasmil R, Khan SN, Riazuddin S, Akram J, Cole RN, Talbot CC, Pourmand N, Zaghloul NA, Hejtmancik JF, Riazuddin SA． FOXE3通过转录调控自噬相关蛋白DNAJB1导致Peters异常。Commun Nat。 7， 10953（2016）。
  • Khan SY, Hackett SF，李兆瓦， Pourmand N， Talbot CC Jr和Riazuddin SA。基于RNA测序的小鼠晶状体发育转录组分析。投资。角膜切削。粘度科学。 56科学通报，4919-4926（2015）。
  • Lee MC, Lopez-Diaz FJ, Khan SY, Tariq MA, Dayn Y, Vaske C, Radenbaugh AJ, Kim HJ, Emerson BM, Pourmand N.单细胞RNA测序分析肿瘤细胞耐药转化的转录异质性。中国科学：自然科学，2014(11);31(4):826 - 835。doi: 10.1073 / pnas.1404656111。
  • 李MC， Franco M, Vargas DM, Hudman DA, White SJ， Fowler RG和Sargentini NJ。(2014)。
    一个ΔdinB使大肠杆菌对紫外线和x射线的致命影响敏感的突变。Mutat。Res。763 - 764， 19-27（2014）。
  • Lopez-Diaz F, Lee MW, Tariq M, Khan S, Dayn Y, Vaske C， Pourmand N和Emerson BM。摘要：单细胞RNA测序揭示了癌细胞耐药克隆群体的表型可塑性。中国癌症杂志，2013,33（增刊）。DOI: 10.1158 / 1538 - 7445. - fbcr13 pr05
  • Dinis JM, Barton DE, Ghadiri J, Surendar D, Reddy K, Velasquez F, Chaffee CL，李兆瓦， Gavrilova H, Ozuna H, Smits SA, Ouverney CC。在环境中寻找未培养的与人类相关的TM7细菌。PLoS One。 6， e21280（2011）。

 

参考海报介绍

  • [2014]李建军，李建军，李建军，李建军，李建军，李建军，李建军，李建军，李建军，李建军。导致彼得斯异常的FOXE3无义等位基因的转录特征。计划于2014年5月8日在美国佛罗里达州奥兰多举行的视力和眼科研究协会（ARVO）年会上发表。
  • Lee MC, Lopez-Diaz FJ, Khan SY, Tariq MA, Dayn Y, Vaske C, Radenbaugh AJ, Kim HJ, Austin RH, Emerson BM & Pourmand N.（2013）。线粒体在紫杉醇耐受性中的单细胞分析。发表于NCI普林斯顿物理科学肿瘤中心（PS-OC）现场BET9九州体育登陆官方，La Jolla， CA，美国
  • Lee MC, Lopez-Diaz FJ, Khan SY, Tariq MA, Dayn Y, Vaske C, Radenbaugh AJ, Kim HJ, Emerson BM, Pourmand N & Austin RH。单细胞测序揭示了细胞群体的遗传异质性。在美国亚利桑那州斯科茨代尔举行的NCI物理科学-肿瘤中心（PS-OCs）网络研究者会议上发表
  • 李建军，李建军，李建军，李建军，李建军。（2012）。单细胞测序揭示了细胞群体的遗传异质性。在癌症基因组峰会上发表，波士顿，马萨诸塞州，美国
  • Vaske CJ, Lee W, Benz S, Sanborn JZ, Lopez-Diaz F, Emerson B & Pourmand N.（2012）。紫杉醇治疗乳腺癌细胞系的单细胞RNA测序，以发现单个细胞的反应。在CTRC-AACR圣安东尼奥乳腺癌研讨会上发表，圣安东尼奥，德克萨斯州，美国
  • 李建军，张建军，张建军，张建军，张建军，张建军。(2011)。DinB在保护大肠杆菌免受紫外线和电离辐射致死作用中的作用。发表于环境诱变剂协会年会上，加拿大魁北克省montracei
  • 2010 Zerbino DR, Lee W, Wilks C, Diekhans M, Paten BJ, Sanborn ZJ, Schulz HM, Haussler D.（2010）。哥伦布：短读转录组或基因组数据的杂交和映射组装。发表于冷泉港基因组信息学会议，美国纽约冷泉港
  • 李伟，方宁，佛朗哥M，福勒R和Khuri S.（2008）。利用HMMER 2.0和邻居连接法推断生物体间y家族聚合酶的系统发育关系。发表于第七届计算系统生物信息学国际会议CSB，斯坦福，美国
  • 李伟，方宁，佛朗哥M，福勒R和Khuri S.（2008）。用隐马尔可夫模型比较y家族聚合酶家族的远端蛋白同源性。发表于第七届计算系统生物信息学国际会议CSB，斯坦福，美国

 

邀请谈判

  • 硅谷女性工程师大会。BET9九州体育会员登录州立大学。2017年3月25日。特邀演讲：下一代测序如何改变医疗保健。
  • SLAC夏季小组。SLAC国家加速器实验室。特邀演讲题目：在科学和工程领域作为一个未被充分代表的少数群体的经历。2015年7月21日。

 

使用UMI适配器改进变体检测时的数据分析最佳实践。集成DNA技术。